Een groot voordeel van het gebruik van de cognitieve prestatietool is dat met deze tool groepen met elkaar kunnen worden vergeleken. Een ander voordeel is dat de tool rekening houdt met de beginsituatie van de leerlingen, waardoor je uiteindelijk iets kunt zeggen over het effect van je onderwijsvernieuwing. De uitkomsten geven een indicatie of de onderwijsvernieuwing wel of niet heeft geleid tot betere cognitieve prestaties. Hierbij dien je wel rekening te houden met eventuele andere factoren die de verschillen tussen de controle- en interventiegroep zouden kunnen bepalen. Denk hierbij bijvoorbeeld aan dat de interventiegroep beter heeft geleerd voor de tweede toets dan de controlegroep. Of lessen die zijn uitgevallen door een zieke leerkracht.
Een mogelijk nadeel van deze tool kan zijn dat het je niet genoeg inzicht geeft in waarom de onderwijsvernieuwing werkt en hoe bijvoorbeeld leerkrachten en leerlingen de onderwijsvernieuwing ervaren. Om hierachter te komen, kun je de observatietool of de interviewtool gebruiken.
